O Museu Histórico do Amapá Joaquim Caetano da Silva foi criado em meados da década de 40, vinculado ao antigo Museu Territorial. Em 1988, o Museu chegou a ser extinto para a criação do Museu de Plantas Medicinais Waldemiro de Oliveira Gomes, o que fez com que uma parte do acervo ficasse exposta ao público e outra fosse recolhida à reserva técnica.Apenas em 16 de novembro de 1990 o Museu Histórico é reativado e ganha a sua sede própria e definitiva, o prédio da antiga Intendência. Entretanto, a instalação aconteceu somente em 21 de maio de 1993.O funcionamento do Museu se deu de forma plena no prédio apenas por 5 anos, quando foi transferido para a Fortaleza de São José de Macapá, onde deveria compor uma única instituição, a Fundação Museu Fortaleza de São José de Macapá.Atualmente, o Museu volta a funcionar em sua sede própria, após o edifício passar por serviços especializados de reparo e restauração, visando à preservação de um dos marcos patrimoniais da história amapaense.
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